El área de la ciudad ha estado poblada desde tiempos prehistóricos, y herramientas prehistóricas de piedra fueron encontradas en el área de la ciudad moderna. En época romana, existía una estación de paso en un lugar llamado Cala-c'Aliya. Los ejércitos invasores, muchos de los cuales procedían de la costa mediterránea, a tan sólo 12 kilómetros de distancia, llegaban con frecuencia a través de Qalqilya. Su nombre actual proviene del árabe Qala'alia, que significa fortaleza elevada. Durante el posterior mandato musulmán en la zona, la ciudad fue poblada por habitantes árabes.

A raíz de los Acuerdos de Oslo, la ciudad estuvo bajo jurisdicción de la Autoridad Palestina. Desde 2003, el muro de separación israelí se ha construido rodeando completamente Qalqilya, separando la ciudad de las tierras agrícolas al otro lado del muro, provocando la cólera y las protestas de muchos de los ciudadanos de la ciudad.

Qalqilia